De Hegewarren ligt tegen De Alde Feanen aan. Dit natuurgebied is gevoelig voor verdroging en ook voor de uitstoot van stikstof. De opdrachtgevers hebben als één van de doelstellingen het verminderen van de huidige stikstofdepositie meegegeven. Er is berekend in welke mate de ontwerpvarianten dit doen in vergelijking met de stikstofuitstoot nu.

De mate van reductie wordt beïnvloed door het veranderende gebruik. Nu is de polder vooral in gebruik door melkveehouders. In de varianten Polderaquarel (1) en Zicht op Twee Landschappen (2) blijft er extensief agrarisch gebruik mogelijk; maar met minder bedrijven. Er is rekening gehouden met 1 a 2 melkveehouderijen in het gebied. De variant Hoogwaterpolder 2.0 gaat ook uit van agrarisch gebruik, maar richt zich helemaal op natte teelten. Hierbij komt (vrijwel) geen stikstof vrij.

Ook is het effect van een eventuele vaarweg door de Hegewarren berekend en vergeleken met de depositie van de huidige vaarweg op De Alde Feanen. Algemeen kan gesteld worden dat de bijdrage van een vaarweg (zeer) gering is in vergelijking met het effect van verandering in agrarisch gebruik.

Een nieuwe vaarweg door de Hegewarren heeft een net iets lagere depositie dan de huidige vaarweg en is in zijn algemeenheid dus een klein beetje gunstiger. Deze depositie is echter niet gelijkmatig verdeeld over het gebied. Het verleggen van de vaarweg naar de Hegewarren leidt aan de zuidkant van De Alde Feanen tot een hogere depositie en aan de noordkant tot een afname van de stikstofbelasting.

Wanneer we de stikstofdepositie van de varianten onderling vergelijken, is te zien dat een vaarweg de stikstofuitstoot in de Hegewarren een klein beetje ongunstiger maakt. Alle varianten leiden echter tot behoorlijke reductie van de stikstofdepositie.